La CPPS fue creada en Santiago de Chile, el 18 de agosto de 1952, por los Gobiernos de Chile, Ecuador y Perú. La personeria jurídica de la CPPS fue consagrada mediante un Convenio suscrito el 14 de enero de 1966. El Gobierno de Colombia se adhirió al Sistema del Pacífico Sudeste en virtud al Convenio de Incorporación suscrito en Quito, el 9 de Agosto de 1979. Al crearse la Comisión, en 1952, se constituye en el mecanismo operativo destinado a hacer cumplir los objetivos de la "Declaración sobre Zona Marítima de 200 millas", conocida como la Declaración de Santiago.

La CPPS está conformada por una Secretaría General de carácter rotativo, con sede en la actualidad, en la ciudad de Quito Ecuador. La Secretaría General está presidida por un Secretario General, e integrada por los Secretarios Generales Adjuntos para Asuntos Jurídicos, Científicos y Económicos.

Para coordinar todas las actividades que realiza la Comisión Permanente del Pacífico Sur, existe en cada Estado miembro un órgano denominado Sección Nacional, integrado por los sectores estatales y privados que tienen vinculación con los asuntos marítimos. La CPPS como organismo intergubernamental es el reflejo de lo que sus cuatro Gobiernos desean, existiendo la norma de consenso para la adopción de sus decisiones.

Corresponde a la CPPS impulsar el proceso de identificación, toma de conciencia y coordinación de los intereses que comparten los estados miembros en los asuntos relativos al Derecho del Mar. Especial énfasis ha puesto esta organización en la preservación del medio marino y en el ordenamiento de la pesca y aprovechamiento sostenible de los recursoso vivos marinos, tanto en las áreas bajo la jurisdicción de los Estados ribereños del Pacífico Sudeste como en la alta mar adyacente. En el contexto de las actividades que desarrolla la CPPS en el área científica, cabe destacar el proyecto Estudio Regional del Fenómeno El Niño (ERFEN) y la publicación mensual Boletin "Alerta Climatico" (BAC).

El mandato dado a la CPPS para ampliar el ámbito de sus actividades en la Cuenca del Pacífico, y promover los intereses económicos de sus países miembros a la región Asia-Pacífico, colocan a esta organización ante un nuevo desafío, cuyo éxito redundará en un mayor desarrollo económico y social de los países miembros.

Como complemento a sus actividades, en 1981, la CPPS estableció el Plan de Acción para la Protección del Medio Marino y Areas Costeras del Pacífico Sudeste, integrado, además de los Estados miembros de la CPPS, por la República de Panamá. El Plan que cuenta con el apoyo financiero del PNUMA, tiene como objetivo proteger y preservar a la región contra todo tipo y fuente de contaminación, reconociendo el valor económico, social y cultural del mar.